中央大学及其前身（1902-1949）
三江、两江师范学堂（1902-1912）
1901 年，清政府试行“新政”，颁布《人才为政事之本》的兴学诏书，喻令各省督抚学政兴办各级学堂。南京大学的前身——三江师范学堂便在这样的历史背景下应运而生。
三江师范学堂的创始者，是 1902 年前后相继担任或署理两江总督的刘坤一、张之洞和魏光焘。
刘坤一：倡议“应从师范学堂入手”
张之洞：三江创建的运筹设计者
魏光焘：三江开办的组织实施者
三江师范学堂从 1902 年开始酝酿、筹备；1903 年 3 月开办，着手聘请师资、建造学堂；1903 年 6 月 19 日开学，由中日教习“互换知识”一年；至 1904 年 11 月正式招生入学，在两年多的时间内，完成了创建工作。这是当时江苏的最高学府，“堪与京师大学堂比美”（日本东亚同文会报告语），也是“中国师范学堂之嚆矢”。
李瑞清（1867 ~ 1920），字仲麟，号梅庵，又号梅痴。1906 年接任两江优级师范学堂监督。辛亥革命前夕，他还一度被委任为江宁布政使，官居二品。1912 年 2 月宣统“逊位”，李瑞清坚持对清王室之愚忠，辞去两江师范学堂监督职务，隐居上海，以出售书画维持生计。1920 年病逝。
三江招生入学之后，学生由于学堂之名、学堂用人和经费分摊等问题发生省界纠纷。江苏籍的士绅如张謇等人也有强烈反弹。他们提议应对三江师范学堂“正名”，理由是自雍正元年起，两江总督就兼辖江苏、安徽、江西三省。在两江总督驻节之地开办的师范学堂，应更名为“两江优级师范学堂”，它不言而喻为三省公学，无须以“三江”为名。经过一段时间的争议，两江总督周馥亦认为学堂名为“三江”似乎意义含糊不明，遂自 1906 年 5 月易“三江”为“两江”，并根据《奏定学堂章程》条例，定名为“两江优级师范学堂”。
1911 年 12 月南京光复以后，李瑞清“挂冠而去”，教务长雷恒返回江西老家，日本教习、中国教职员及五百余未毕业的学生也都星散。1913 年 7 月“二次革命”发生，两江师范学堂再度被军队占驻，并遭到乱兵、土匪的洗劫，损失惨重，看守学堂的工人一死三伤。当时任江苏民政长的韩国钧接到两江师范学堂的管理员李承颐的报告后，下令江苏省教育司“会同警察总厅封锁两江师范学堂，等候改制开学”。
南京高等师范学校和国立东南大学（1914-1927）
1914 年 9 月 2 日，韩国钧发布“2406 号饬令”：“委江谦为南京高等师范学校校长”。
1918 年 3 月 21 日，校长江谦因病休养，经教育总长傅增湘批准，由教务主任郭秉文代理校长。翌年 9 月，教育部正式委任郭秉文为校长。
1919 年 12 月，陶行知提出《女子旁听办法案》，在校务会议上获得通过。1920 年暑期南高招收了第一届女生，实行男女同学。此为南高开放女禁之始，在全国亦属于首开女禁的 2 所国立高校之一。
在开办之初，南京高等师范学校就创作并确定了《校歌》。该校歌由校长江谦亲自“作歌”；“制谱”者则是正在南高教授音乐与绘画的李叔同。
大哉一诚天下动，
如鼎三足兮，曰知、曰仁、曰勇。
千圣会归兮，集成于孔。
下开万代旁万方兮，一趋兮同。
踵海西上兮，江东；
巍巍北极兮，金城之中。
天开教泽兮，吾道无穷；
吾愿无穷兮，如日方暾。
该校歌，包括词和曲，2001 年又被确定为《南京大学校歌》。
建校初期，南高还确定了校训。经过广泛讨论后确定，南京高等师范学校校训只用一个“诚”字。所谓“诚”就是指道德上的自我完善和知识上的明达物理。南高之所以以“诚”为训，以诚为本，是因为校长江谦认为，诚涵知、仁、勇，诚育德、智、体；全体师生均须以诚植身，以诚修业，以诚健体，以诚处世，以诚待人。所以江谦在歌词的首句便写道：“大哉一诚天下动，如鼎三足兮，曰知、曰仁、曰勇”，大气磅礴，醍醐灌顶。而当校训成为全体师生的共识，并在实践中认真予以实施时，就可以逐步形成良好的校风。
1921 年 6 月 6 日，东南大学在上海召开董事会，讨论董事会章程，通过《东南大学组织大纲》，编制预算，并一致推荐郭秉文为校长，由董事会报教育部呈大总统批准。随后，学校将 6 月 6 日定为东大的校庆日。1921 年 7 月教育部核准《东南大学组织大纲》。东大遂于 8 月招考预科学生。9 月国立东南大学正式开学。教育部代部长马邻翼委任郭秉文为东南大学校长，兼任南京高等师范学校校长。
东大刚建立时，高师与大学是不分彼此的，两校共一校园，中间仅有一篱相隔；教职员、经费和校产均属两校共有。
在东大筹建时业已议定：南高自 1921 年开始不再招生，待高师学生全部毕业，高师即与大学合并。东大成立后，学校逐渐有意识地由“高师”向“大学”转轨，以至后来终于停办高师，彻底并入东大。鉴于南高、东大本是一家，只是由于实施“双轨制”，才出现了三四年时间的“一校两制”的事实，故人们常将“南高”“东大”并称，视同一校。
1923 年 8 月 20 日至 25 日，中国社会主义青年团（后更名共青团）第二次全国代表大会在东大召开。这次会议原本决定在湖南召开，毛泽东代表中共湖南省委已复函团中央表示同意。后来由于准备与会的邓中夏、瞿秋白、施存统等当时都在上海，江浙沪一带也较有工作基础，而且南京团地委的工作也越来越有成效，所以最后决定团的“二大”在南京召开。会议在梅庵举行，邓中夏、恽代英、夏明翰以及谢远定等约 30 人参加了会议，毛泽东以中共中央代表身份在会上发言。
中央大学前期发展（1927-1937）
1927 年，南京国民政府成立以后，合并江苏境内专科以上的公立学校，组建成一所中国规模最大的国立大学，并于次年定名为中央大学。
1927 年 6 月 9 日，国民政府教育行政委员会颁布“大学区制”，决定由江苏、浙江两省试行，各省区设立一所大学，并统管全省教育。出于“首都大学当立深远之规模，为全国之楷范”和“振新全国之耳目，肇建完备之学府”的通盘考虑，教育行政委员会于同日明令将原国立东南大学、河海工程大学、江苏法政大学、江苏医科大学、上海商科大学以及南京工业专门学校、苏州工业专门学校、上海商业专门学校、南京农业学校等江苏境内专科以上的 9 所公立学校合并，组建为国立第四中山大学。
1928 年 2 月 29 日，大学院（由教育部更名而来）大学委员会通过了更改校名的办法，并发布了 165 号训令，要求第四中山大学依令更名“江苏大学”。
4 月 24 日大学委员会临时会议议决：“江苏大学改称中央大学，得加‘国立’二字。”5 月 4 日，大学院院长蔡元培到校宣布了这一决定，校名风波始告平息。1928 年 5 月 16 日，国民政府行政院根据大学委员会的提议又对此案进行复议，作出了“江苏大学改称国立中央大学”的决议。
国立中央大学校歌之一（汪东词，程懋筠曲）：
维襟江而枕海兮，金陵宅其中。
陟升皇以临睨兮，此实为天府之雄。
焕哉郁郁兮，文所钟。
宏哉黉舍兮，甲于南东。
干戈永戢，弦诵斯崇。
百年树人，郁郁葱葱。
广博易良兮，吴之风。
以此为教兮，四方来同。
国立中央大学校歌之二（罗家伦词，唐学咏曲）：
国学堂堂，多士跄跄；
励学敦行，期副举世所属望。
诚朴雄伟见学风，雍容肃穆在修养。
器识为先，真理是尚。
完成民族复兴大业，增加人类知识总量。
进取、发扬，担负这责任在双肩上。
中央大学共设文、理、法、教育、农、工、商、医八院。
抗战中的中央大学（1937-1945）
沦陷区的南京中央大学（1940-1945）
复员后的中央大学（1946-1949）
1945 年 8 月，西南联大理学院院长吴有训接长中央大学。
金陵大学及其前身（1888-1949）
金陵大学的前身是美国基督教会美以美会于 1888 年在南京干河沿创办的汇文书院。它的创办同当时外国教会办的其他学校一样，是 19 世纪末期，在中国遭受帝国主义侵略的历史背景下，外来文化冲击和中国社会内部变革双重作用的产物。
南京金陵大学是汇文书院和其他两个书院：基督书院和益智书院合并建立的。该三书院在南京城内鼎足而三。
陈裕光自 1927 年受聘为金陵大学校长起，连续任校长达 20 余年，他既是中国教会大学第一个华人校长，也是我国现代高等教育史上任期最长的校长，被公认为我国教育界的元老之一。
南京大学（1949-）
1949 年 4 月 20 日，人民解放军百万雄师横渡长江。4 月 23 日，南京解放。以“起看星河含曙意，愿将热血荐黎明”（森林系梁希教授诗句）的大无畏精神投入“应变、护校、迎解放”斗争的中央大学师生员工，终于熬过黎明前的黑暗，迎来了新生的曙光。
1949 年 8 月 8 日，根据南京市军管会文教委员会通知，国立中央大学改名为“国立南京大学”。1950 年 10 月 10 日，接华东军政委员会教育部长吴有训签发的通知：“经政务院核定，除私立学校于校名上加冠‘私立’二字外，各级学校校名不加国立、省立、市立及公立字样。”自此，学校校名即去“国立”二字迳称“南京大学”。
南京大学院系调整
1952 年 3 月 24 日，在以南京市市长柯庆施名义呈报的《关于南京大学、金陵大学合并、调整方案的请示》中提出：“(1) 南京大学文、理、法三院各系与金陵大学文、理两院合并，成立正规的综合大学，仍名南京大学”；“(2) 以南大工学院为基础，合并金大理学院电机、化工两系，成立南京工学院”；“(3) 南大、金大农学院合并成立南京农学院”；“(4) 南大师范学院各系与金大文、理两院相同或有关各系及与高级师范专修班合并，成立南京师范学院”；“(5) 新南京大学保留原南大、金大必要职员，成立行政机构，其余为南大者拨归工学院，为金大者拨归农学院及师范学院”；“(6) 关于图书、文物，有关工程、农林、教育、美术、音乐、体育及其他复本，拨归专门学院，其余均归综合大学”。其中还提到，南京工学院“宜设南大四牌楼不动”；“南京大学把校址让给工学院”，“迁到金陵女子文理学院旧址”。
- 以南京大学文、理、法三学院和金陵大学文、理两学院为主体，并入复旦大学外文系德文组、震旦大学外文系法文组、同济大学外文组、齐鲁大学天文算学系、中山大学天文系、浙江大学地理学系地理组，以及四川大学地理学系（1953 年 10 月并入）等，成为一所文理学科型的综合性大学，仍名南京大学。校园自四牌楼迁至天津路原金陵大学校址。
- 南京大学的工学院独立，以该院的电机、机械、土木、建筑、化工等 5 个系，以及南大农学院的农业工程系为基础，并入金陵大学的电机、化工两系，组建成一所多学科性的工业大学——南京工学院。1953 年华东区高校专业调整时，又并入浙江大学、山东工学院的无线电通讯和广播专业，厦门大学工学院的机械、电机两系和交通大学的有关无线电系科。建院时设有建筑、土木、机械、电力、电信、化工、食品等 7 个系，23 个专业。以 10 月 10 日为建院纪念日，校址设四牌楼南京大学校本部。当时由张江树、钱钟韩担任代理建院筹备组负责人，张江树调任华东化工学院院长后，由汪海粟任南京工学院首任党委书记兼院长。1988 年 5 月，南京工学院改名为东南大学。
- 南京大学的师范学院独立，以该院的教育、幼稚教育、美术、音乐、体育等 5 系与金陵大学的教育、儿童福利两系为基础，并入上海私立震旦大学托儿专修科、广州私立岭南大学社会福利系儿童福利组、南京师专数理班，组建成南京师范学院。设中文、教育、幼儿教育、美术、音乐、理化等 6 系及数学、生物、地理等 3 个专修科。校址设在原金陵女子文理学院。陈鹤琴、吴贻芳担任首任正、副院长。1984 年 1 月改名为南京师范大学。
- 南京大学农学院与金陵大学农学院分别从原属大学划出合并，调入浙江大学农学院的部分系科，组建为南京农学院。校址暂设丁家桥，1958 年搬迁到南京东郊卫岗新址。金善宝为首任院长。1984 年改名为南京农业大学。
- 南京大学工学院水利系与交通大学水利系、同济大学和浙江大学两校的土木系水利组，以及华东水利专科学校的水工专修科合并，组建成华东水利学院。1953 年又有厦门大学土木系水利技术建筑专业、山东农学院农田水利系、淮河水利学校水利工程专修科并入，1955 年并入武汉大学水利学院的海港系，同时调出水利土壤改良系。建院初设水文、水利土壤改良、水利发电和水工结构等 4 系。严恺为首任院长。1985 年改名为河海大学。
- 南京大学农学院森林系与金陵大学农学院森林系合并，组建南京林学院，校址暂设丁家桥。1955 年迁至太平门外锁金村新址，同年又有华中农学院森林系并入。郑万钧为首任院长。1985 年改名为南京林业大学。
- 南京大学工学院航空工程系与交通大学、浙江大学两校的航空系合并，组建为华东航空学院。1957 年迁往西安，更名为西安航空学院，1957 年 10 月与西北工学院合并为西北工业大学。
- 南京大学医学院在 1951 年 1 月即改变建制，属华东军政委员会卫生部领导，经费供给由军区卫生部负责，但仍保留南京大学医学院的名称。1952 年改称中国人民解放军第五军医大学。1954 年迁至西安并入第四军医大学。
- 南京大学文学院的哲学系调整后并入北京大学哲学系；法学院的法律、政治两系调整至华东政治学院；经济系调整至复旦大学。
